Przyszedł na świat w Szkocji, w marcu 1895 roku, jako środkowe dziecko Roberta McGonagalla Sr. i jego żony Isobell z domu Ross. Ma starszą siostrę Minervę, uczącą obecnie w Hogwarcie, oraz młodszego brata Roberta Jr. Jeszcze w szkole poznał kobietę, z którą niedługo po skończeniu Hogwartu się ożenił – Halsey z domu Abbott – i zamieszkali pod Londynem, zakładając Ostoję dla zwierząt, gdzie przyjmują wszystkie potrzebujące zwierzęta: czy to magiczne, czy zupełnie nie.
Malcolm od zawsze interesował się światem zwierząt, całkowicie poświęcając się tejże pasji. Prowadził teoretyczne i praktyczne badania nad zwierzętami zamieszkującymi Wielką Brytanię, z czasem ucząc się również, jak im pomagać i uzdrawiać te, które tego potrzebują. Ma szeroką wiedzę o świecie fauny również spoza granic Wysp Brytyjskich i chętnie dzieli się swoją wiedzą, nie odmawia prowadzenia wykładów na kursach. Przez lata pracy w zawodzie stał się cenionym za swoją wiedzę i praktykę specjalistą. Prócz ogromnej wiedzy o przyrodzie, Malcolm jest też, za sprawą rodzinnej zdolności, wprawiony w magii transmutacji, jest zarejestrowanym animagiem (potrafi zmieniać się w sowę płomykówkę oraz dużego psa rasy greyhound). Z racji na wykonywany zawód i pracę przy zwierzętach, również tych większych, jest bardzo sprawny fizycznie.
To spokojny czarodziej o wesołym usposobieniu, który nie potrzebuje wiele do szczęścia. Zazwyczaj nie wtrąca nosa w nieswoje sprawy, ciężko mu jednak odmówić pomocy, gdy zostanie o nią poproszony.
Oprócz zajmowania się zwierzętami w Ostoi, z równie wielką pasją hoduje sowy różnych gatunków (tak sobie ukochanych). Można u niego zakupić sowę pocztową.
Nie wygląda na swój wiek – nieznajomi mogą się bardzo pomylić w ocenie, ile lat ma ten czarodziej. Wszystko za sprawą jabłek ze złotej jabłoni, których kilka sztuk otrzymali wraz z żoną w prezencie ślubnym, te zatrzymały proces starzenia na kilkanaście lat. Jego zwierzęciem totemicznym jest sowa.